RedIRIS tiene su origen en el año 1988, cuando el Plan Nacional de Investigación y Desarrollo puso en marcha un programa horizontal especial -IRIS- para la Interconexión de los Recursos InformáticoS de las universidades y centros de investigación. Fue pionera en España en la introducción de Internet y de diversos servicios telemáticos, jugando así un papel fundamental en la evolución de la Sociedad de la Información y del Conocimiento.
Desde su inicio hasta finales de 1993 la gestión del Programa IRIS corrió a cargo de Fundesco. A partir de 1991, cuando se considera finalizada una etapa de promoción y lanzamiento, el Programa IRIS se transforma en RedIRIS. Desde enero de 1994 hasta 2003 RedIRIS es gestionada por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas.
En enero de 2004 RedIRIS se integra como un departamento con autonomía e identidad propias en el seno de la entidad pública empresarial Red.es, adscrita al Ministerio de Asuntos Económicos y Transformación Digital.